Общее руководство университетом осуществляет выборный представительный орган — Ученый Совет Томского политехнического университета.
Ученый Совет университета определяет перспективы и направления развития учебной, методической, научно-исследовательской и хозяйственной деятельности университета, рассматривает и принимает решения по следующим вопросам:
- Утверждение структуры университета;
- Создание, реорганизация и ликвидация учебных и научных подразделений университета (лабораторий, отделений и др.), других структурных подразделений;
- Организация учебно-воспитательного процесса;
- Планирование и финансирование научно-исследовательской работы, подготовки, переподготовки и повышения квалификации педагогических и научных кадров;
- Развитие контактов с учебными и научными организациями в стране и за рубежом;
- Определение порядка и назначения стипендий студентам университета;
- Определение порядка расходования внебюджетных средств университета;
- Избрание на должность заведующих кафедрами, деканов заочных факультетов, деканов отделений (на правах факультетов), проведение конкурсного отбора для заключения трудового договора (контракта) на должность профессора;
- Ежегодное заслушивание доклада (отчета) ректора о работе университета;
- Представление к ученым званиям;
- Назначение, определение порядка выдвижения кандидатур, даты и процедуры выборов ректора на конкурсной основе;
- Обсуждение изменений и дополнений к Уставу университета;
- Согласование решений о сдаче в аренду без права выкупа университетом закрепленных за ним объектов собственности, а также земельных участков;
- Представление к правительственным наградам и почетным званиям сотрудников и обучающихся в университете.