Выполнение программы сопряжено с рисками в образовательной, научной и организационно-управленческой деятельности.

В образовательной деятельности существует риск недостижения показателей результативности выполнения Программы, обусловленный демографической ситуацией в стране, трудно прогнозируемым спросом на бакалавров и магистров вследствие отсутствия нормативной базы (устаревший Единый тарифно-квалификационный справочник), а также латентным влиянием экономического кризиса на рынок основных и дополнительных образовательных программ.

В научной деятельности риски определяются несформированным рынком коммерциализации научно-технических разработок, отсутствием государственной системы долгосрочных  инвестиций в НИОКР,  отсутствием  нормативно-правовой  базы, стимулирующей НИОКР. Существуют риски, связанные с непредсказуемым поведением частных инвесторов при выполнении совместных проектов. Например, ОАО «Салаватнефтемаш» после смены руководства отказалось финансировать проект «Разработка технологии вакуумноплазменной очистки и модифицирования поверхности проката и промышленное освоение выпуска установок» (150,0 млн руб.) в рамках постановления Правительства РФ от 9 апреля 2010 г. № 218 «О мерах государственной поддержки развития кооперации российских высших учебных заведений и организаций, реализующих комплексные проекты по созданию высокотехнологичного производства».

Риском организационно-управленческой деятельности является возможное снижение эффективности достижения показателей результативности при внесении изменений в отдельные законодательные акты Федерального закона Российской Федерации от 8 мая 2010 г. № 83-ФЗ.

К рискам выполнения Программы следует также отнести нарушение обязательств поставщиками (низкое качество, дефекты в оборудовании и технологиях, нарушение сроков поставки и монтажа оборудования).

Минимизация указанных рисков обеспечивается за счет скоординированного выполнения комплекса мероприятий, взаимоувязанных по срокам, ресурсам и результатам.